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二级菌种制作: 配料-----装瓶------塞棉塞-----装筐-----灭菌-----冷却到30度。接种在经消毒的接种室或接种箱内进行，一般为两个人操作:一人将瓶口打开烧一下，置酒精灯火焰上方，一人持斜面母种，拔掉棉塞，烧一下管口，用灼烧灭菌的接种耙先将斜面上端很薄的一段去掉，再切取菌种块，接入二级菌的培养料内，烧一下棉塞，封好瓶口即可。每支斜面菌种可扩接二级菌8瓶。接完菌后把瓶子拿到培养室进行培养，前7~10天可以保持25~28℃，10天后保持25度即可，经过45天左右，就可以培养好二级菌种。
三级菌种制作: 配料-----装袋-----加套环，塞棉塞-----装筐-----灭菌-----冷却到30度。把冷却到30度的菌袋放到接种箱中，点燃烟雾消毒剂，点着紫外线灯，半小时后，待烟雾散尽后，拔下紫外线灯进行接种。接种两个人操作，一个打开三级菌袋，使袋口在火焰上方。另一人拿起二级菌种瓶，取下棉塞后，把接种耙在酒精灯火焰上烧一下消毒，剔除表层的老化菌皮，取出菌种接种到培养基上。 三级菌种的培养和二级菌种差不多，要求室内干燥，空气相对湿度在60%左右，培养时需要暗光或黑暗。在温度管理中，若室温偏高，可通过通风透气加以调节。为使菌种发菌一致，在养菌过程中要上下翻动一两次，结合翻架，发现有杂菌发生的，要及时拣出。
培养架是如何设计的?
一般六到七层，每层之间距离30厘米，架子宽1.2米左右，每趟架子之间要有50厘米宽的过道，这样的设计，每平方米能放80袋三级菌袋，在实际操作过程中，一般都是上层架子温度比下面的温度要高，因此，下层的架子上摆的木耳袋数量可以多些，而上面可以摆的松些、数量少些，这样做有利于上层的散热和下层的保暖。
