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富硒香菇菌种选育技术含量低，
多年来学者们对富硒香菇栽培的研究主要集中于硒在香菇生物体内部的存在形式以及硒元素与香菇内其他物质之间的相互影响和相互作用, 但对硒本身在相关生物体内的代谢理论和实践研究都较为欠缺, 因此, 培育出的富硒香菇与硒元素之间是否有机融合在一起还是未知数。
对富硒香菇菌株的选育目前还停留在前人研究的基础阶段, 方法单一, 技术含量较低。利用高科技生物手段进行富硒香菇菌株的选育和改良被认为是今后富硒香菇栽培技术的发展方向之一。
液体菌种技术还处于初级阶段
目前, 对富硒香菇液体菌种栽培技术的研究太少, 未来对于液体菌种栽培富硒香菇的研究有待深入。同时在研究过程中还需要注意硒的来源、对环境的污染以及硒的综合利用等方面, 因此, 富硒香菇的液体菌种栽培技术还有很长的一段路要走。
富硒香菇相关产品价格较高
随着科技的进步, 以富硒香菇为原料衍生出的产品越来越多, 例如:孙中涛等通过深层发酵技术在香菇内部完成了无机硒向有机硒的转化, 获得了硒含量高的香菇菌丝体, 以此为原料生产出含硒蛋白粉、含硒奶粉等的产品, 使香菇的营养价值大幅提升, 其价格也比普通产品高很多, 这也使得大众消费者对此类产品望而却步。
究其原因, 一方面是由于富硒香菇相关产品的生产还远没有达到工业化、产业化程度, 制作成本高昂。另一方面是由于缺乏相关的市场竞争机制, 可生产的企业较少, 因此富硒香菇栽培及产品生产会向着规模化的方向发展。
相关质量安全标准体系不够健全
由于富硒香菇栽培还远没有达到产业化, 而栽培技术研究过程中往往只是在盲目追求硒元素的含量, 而对于硒的含量多少至今国内仍然没有相关的质量标准, 这对于食品的质量和安全来说都是极为不利的, 因此不断健全富硒相关的质量安全体系, 并使之与国际标准相衔接, 是富硒香菇产业需尽快解决的问题。
