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采用低温、干燥与缺氧的条件，以终止菌种的繁殖，降低其新陈代谢，使之处于休眠状态才能不影响菌种质量。为什么这样做呢？因为无论是母种、原种或栽培种，如果未及时使用，其菌丝就会很快衰老，降低生产力，影响产量和质量。 菌种保存的方法很多，常用的为斜面低温保存法，液体石蜡保存法等。有条件的还可采用冷冻真空干燥保存法。其中斜面低温保存法是最简便最普通的保存方法。即将菌丝生长良好的斜面菌种，置于冰箱内；在4℃左右低温下保存；以后每隔2～3个月转管移接一次。这种保存方法适于大多数食用菌菌种。为了延长保存时间，试管口处要用塑料薄膜包扎，以防培养基干固。在农村没有冰箱设备的，可把母种试管，用石蜡封口，再用塑料薄膜包封，沉放于清凉的井底保存。 而食用菌的菌丝体用液体石蜡保存法方法简单，只在斜面菌种试管内，注入一层已灭过菌的液体石蜡，注入量以高出斜面1厘米为宜，使菌种与空气隔绝，降低其新陈代谢的活动，然后在棉塞外包以塑料薄膜，直立存放于室内干燥处或低温下保存，一般可保存一年以上。木屑试管菌种保存法是用杂木屑按原种的培养基配制装入大号试管，容量为管高的三分之二，擦净管口塞紧棉塞，用牛皮纸包扎管口后高压灭菌，然后移入母种，在25～28℃下培养，待长满菌丝后，立即移到低温干燥环境保存、或埋于尿素、硝酸铵或地洞中保存，效果更好，并能延长保存时间。 当然，采用真空、干燥、低温等手段，使菌种新陈代谢活动处于相对静止状态，在低温下快速冷冻，又在低温下真空干燥，而使菌细胞的结构与成分保持原来状态而保存菌种，这就是冷冻干燥保藏法。 应该注意的是原种和栽培种培养好后，应立即用于扩接栽培种或栽培生产，不宜保存过久，时间越长，生活力越差，也越容易感染杂菌。若因特殊情况不能及时使用，原种瓶口用牛皮纸包好，置4～14℃条件下可保藏一年左右。栽培种短期保存也可放于阴凉、干燥通风的室内，但种瓶不宜堆叠过高，以免堆内发热，加速菌丝老化。 详细关于菌种保存的方法可以参考《食用菌菌种生产技术规程DB13/T586—2004》等相关技术标准。
