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一、菌种质量标准
１、一级种（俗称母种）：在同一种培养基上具有原菌株的菌落形态特征，无病虫杂菌，菌丝洁白，生长健壮有力，边缘整齐，不发黄，不老化，菌龄掌握在刚长满斜面即用于扩接原种或继代培养。
２、二级种（俗称原种）：无感染病虫杂菌，菌丝洁白，粗壮浓密，均匀布满瓶周，外见颜色一致，无不均匀斑，培养基由棕黑色转为淡棕黄色，有蘑菇特有香味，菌丝不萎缩，不发黄，接种后应在40-50天长满瓶,菌龄掌握在菌丝长满瓶10天左右使用。
３、三级种（俗称栽培种）：无感染病虫杂菌，菌丝洁白玉米黄，粗壮有力，均匀布满瓶周，外观颜色大体一致，无明显不均匀斑，培养基成淡棕黄色，有蘑菇特有香味，培养基不萎缩，不吐黄水，接种后菌丝应在30-45天长满瓶,菌龄掌握在菌丝长满瓶后15天内使用。
二、菌种质量鉴定：
１、直接观察 首先用肉眼观察包装是否合乎要求，棉塞有无松动，试管、玻璃瓶或塑料袋有无破损，棉塞和试管、瓶或袋中有无病虫侵染，菌丝色泽是否洁白均匀，有无发生老化。然后在瓶塞边作深吸气，闻是否具有蘑菇菌种特有的香味，原种和栽培种可取出小块菌丝体观察其颜色和均匀度，并用手指捏料块检查含水量是否符合标准。
２、显微镜检查 在载玻片上滴一滴蒸馏水，然后挑取少许菌丝置水滴上，让菌丝体充分展开，盖好盖玻片，再置显微镜下观察。也可通过菌丝体染色后镜检观察。蘑菇菌丝体应粗壮，菌丝节较长，呈分枝状，说明是正常菌种，如果菌丝节很短，分枝很浓密，菌丝较纤细，生长缓慢，一般为不正常菌种。
３、菌丝生长速率测定将所获的菌种，转接至PDA 培养皿中央, 待菌丝身皿边辐射蔓管时, 用直径0.5cm的打孔器,经灭菌后打取边缘菌丝,边同培养基重新接入PDA 培养皿中央进行培养,每隔24小时,测定菌落直径,直至菌落覆盖全皿为止,从而耱出菌丝平均生长速度。
４、耐高温测定 先将母种试管数支置于24℃下培养,10天后取出部分试管置30℃下培养,24小时后再放回24℃下培养,经过高温的处理,如果菌丝仍然健壮,旺盛生长,则表明该菌种具有耐较高温度的优良特性,也可将母种试管移接至草基试管培养基中,置24℃下培养5天正常生长后,把试管置28℃下进行培养, 如果菌丝能较正常生长也表明该品种具有耐较高温度的优良特性。
５、 吃料能力鉴定 将试管母种接入新鲜配制的装在试管中的粪草培养基中， 置24℃下进行培养,5天后观察菌丝生长情况,如果菌种块能很快萌发,并迅速向培养料中生长伸展,则说明该品种的吃料能力强;如果菌种萌发后生长缓慢, 迟迟不向四周和料层深处伸展,则表明该品种对培养料的适应能力差,是劣质菌种。
６、生理特征测定 蘑菇菌种的生理特征测定包括酶活力测定和遗传分析两方面。酶活力测定主要是进行纤维素酶活力的测定，遗传分析主要是进行酯酶同工酶的检测，以及RAPD检测等,分析该品种的遗传物质是否保持原有品种的特征带,如果遗传分析发现主要标记酶带或扩增带发现变异说明该品种有可能出错或已发生变异, 是劣质菌种。
三、菌种的退化与复壮
１、菌种的退化 菌种在传代过程中，因遗传物质发生变异而引起的使原有的优良性状渐渐消失或变坏，出现长势差、出菇迟、产量不高、质量不好、子实体丛生等现象。这些现象人们泛称为“退化”。“退化”是一个群体概念，即栽培中子实体群体中有少数子实体与亲本不同，不能算退化，只有相当一部分乃至大部分个体的性状都明显变劣，群体生长性能显著下降时，才能视为菌种退化。菌种退化往往是一个渐变的过程，菌种退化只有在发生有害变异的个体在群体中显著增多以至占据优势时才会显露出来。因此尽管个体的变异可能是一个瞬时的过程，但菌种呈现“退化”却需要较长的时间。
２、菌种发生退化的原因 （１）菌种混杂 在菌种继代培养过程中，不同品种间交叉感染，导致不同品种的菌丝体混杂在一起，菌丝生长发生变异，导致原有品种生产性状的改变，常常表现出产量下降、质量变劣等。 （２）有害突变的发生 一般来说，一个正常菌株经过多代移植，不会导致遗传性状的改变。但是如果一个菌株的菌丝细胞中发生有害突变，而且突变体能适应外界环境条件。那么，随着移接次数的增加，有害突变体在菌丝细胞群中所占的比例会逐渐增大。这样，该菌株的生产性能就会随之恶化，退化现象就逐渐显现出来。 （３）杂交菌株的双亲核比例失调 杂交菌株的菌丝体在转管过程中，受到外界环境、营养条件等改变的影响，其中一个亲本的核发育正常逐渐占据优势而另一亲本的核可能不适应而逐渐减弱，这样导致双核比例的失调，随着扩管代数的增加，核比例失调逐渐扩大，最终导致在栽培中表现出退化现象。 （４）病毒的感染 菌种感染病毒后，病毒不仅会随着菌丝体的扩大繁殖而增加，而且会通过带毒孢子传染下一代。当菌种携带一定浓度的病毒粒子，在栽培中都会表现出明显减产，菇质量下降等退化现象。
四、防止菌种退化的措施 （１）要防止菌种的混杂，在菌种转管，进行出菇试验等工作中，均应加强品种隔离，减少品种间的混杂，以保证优良品种的遗传组成在较长时间内能保持足够的稳定。 （２）控制菌种传代次数 菌种传代次数越多，产生变异的机率就越高，因此菌种发生退化的概率就会越多，生产中应严格控制菌种的移接代数。 （３）采用有效的菌种保藏方法保存菌种 菌种保存应是短期、中期和长期三者相结合，根据不同的要求从不同保藏方法中进行扩和移接，确保菌种能长期保持该品种的原有优良性状。 （４）创造菌种生长良好营养条件和外界环境 菌种培养基的营养条件应适宜，才能使菌种生长健壮，减少退化的发生。营养不足和过于丰富对菌种生长均不利。菌种的生长繁殖受到物理、化学、生物等外界条件的影响，如条件适宜，菌种生长正常，不易退化，不相适宜，则会引起菌种的退化。比如芳香族化合物，能诱发绒毛状菌丝体成扇形菌落的形成，这种菌丝体在料床上易形成致密的白斑，导致产量下降。 （５）对菌种可能遭受病毒的感染应保持足够的警惕。对有疑问的菌种要及时检验。确证已感染病毒，尤其是病毒粒子含量大，菌丝体及子实体性状已受到严重影响的菌种，应及时淘汰。
４、菌种的复壮 （１）菌丝尖端分离进行提纯复壮，在显微镜下应用显微操作器把菌丝尖端切下转移至新瓶的PDA培养基上培养，这样可以保证该菌种的纯度， 并且可以起到脱病毒的作用，使菌种保持原有品种的遗传物质，恢复原来的生活力和优良种性，达到复壮的目的。 （２）适当更换培养基，长期在同一培养基上继代培养的菌种，生活力可能逐渐下降。将碳源、氮源、碳氮比、维生素、矿物质营养作适当调整，对因营养基质不适而衰退的菌种，有一定的复壮作用。 （３）菌种分离，要有计划的把无性繁殖和有性繁殖的方法交替使用，反复进行无性繁殖菌种会不断衰退，而经有性繁殖所产生的孢子，是食用菌生活史的起点，具有丰富的遗传特性，因此必须定期进行蘑菇菌株的单孢分离筛选，从中优选出具有该品种原来优良性状的新菌株，逐渐替代旧菌株，这样就可不断地使该品种得到恢复，长期使用。
